Il mercato è stato creato nel 1990 e privatizzato nel 1999 con la costituzione della società e-MID S.p.A.

Attualmente e-MID è l’unica piattaforma multilaterale per la negoziazione di depositi interbancari in Europa e negli Stati Uniti. Circa 178 aderenti da 29 paesi si collegano ogni giorno al mercato, inclusi 30 tra Banche Centrali e Ministeri delle Finanze in qualità di osservatori.

Nel 2007 la Società ha cambiato nome in e-MID SIM S.p.A. trasformando la propria ragione sociale in società d’intermediazione mobiliare in conformità alla Mifid, la Direttiva Europea per gli Strumenti Finanziari. Questo passaggio ha garantito la continuità della gestione di e-MIDER, il primo mercato elettronico per i derivati Overnight Indexed Swap, accessibile sulla stessa piattaforma. e-MIDER è stato recentemente censito come Multilateral Trading Facility (MTF) nel registro internazionale del Comitato di Regolatori Internazionali di Titoli (Committee of European Securities Regulators - CESR).
e-MID ed e-MIDER sono rispettivamente supervisionati da Banca d’Italia e da CONSOB.

Il Mercato Interbancario dei Depositi è sistema ancillare ufficiale di TARGET2, il Sistema dei Pagamenti pan-europeo. Gli aderenti al mercato possono sottoscrivere il servizio di regolamento automatico (Automatic Settlement Service) e beneficiare dei vantaggi derivanti da addebiti/accrediti automatici, pagamenti puntuali e consegna in tempo reale dei fondi presi a prestito. 
Con e-MID la “liquidità infra-giornaliera” non è più solo un concetto, ma un valore tangibile.

All'inizio del 2009, in collaborazione con la Banca d'Italia, e-MID ha lanciato il Mercato Interbancario Collateralizzato (MIC) con l'obiettivo di ridurre il rischio di controparte e di mancata consegna della liquidità. In Ottobre 2010 il MIC diviene New MIC, il mercato per i depositi garantiti da una CCP, basato sul Sistema di Garanzia di CC&G.

Il 27 settembre 2011 e-MID lancia e-MID Repo, il mercato dei pronti contro termine, predisposto per negoziare anche classic repo.